L'Académie Cross est une école privée qui a une particularité : être divisée en 2 classes bien differentes : la classe de jour, dont les cours ont lieu... le jour, et la classe de nuit, dont les cours ont lieu... la nuit. Chaque soir, lors du changement de classes, c'est toujours la même pagaille. Pour essayer d'entrevoir leurs camarades de la classe de nuit, les filles de la classe de jour deviennent comme des harpies, prêtes à taper et marcher sur quiconque se mettrait sur leur passage.
La raison de cette hystérie collective ? Les étudiants de la classe de nuit sont tous si beaux et séduisants que toutes les filles de l'école en sont amoureuses et ne rêvent que d'attirer leur attention.
Mais ce qu'elles ne savent pas, c'est que ces si charmants jeunes hommes sont en verité des vampires, pacifiques certes, mais des vampires quand même, et personne n'a le droit de les approcher sous peine de se faire punir sévèrement.
Les seuls à connaître le secret sont le directeur de l'école et les 2 Gardiens, 2 adolescents de la classe de jour dont la mission est de protéger le secret de la classe de nuit et de maintenir ainsi la paix dans la petite communauté. L'un d'eux, Yûki Kurosu, est une jeune fille au caractère vif et bien trempé qui prend ses fonctions vraiment très à c½ur. Gare à celui qui s'aviserait d'outrepasser les règles ! Il se verrait aussitôt remettre dans le droit chemin ! Dans son rôle de gardienne de l'école, Yûki est secondée par son ami d'enfance, Zero Kiryû, un garçon secret et solitaire avec lequel elle n'arrête pas de se chamailler et qui voue une haine profonde aux vampires.
Tous les deux sont orphelins et ont été recueillis enfants par le directeur de l'Académie, un pacifiste convaincu, dont le rêve est de voir humains et vampires cohabiter en paix.
Yûki ne se souvient pas de ses parents. Son plus ancien souvenir remonte à un vigoureux soir d'hiver, lorsqu'elle avait 5 ans. Elle était en train de se faire attaquer par un vampire lorsqu'elle fut sauvée par un autre, Kanama Kuran, devenu depuis, le fascinant leader de la classe de nuit. Yûki lui porte une admiration et un respect sans bornes, ce qui n'est pas vraiment du gout de Zero.
Lui aussi s'est fait attaquer par un vampire lorsqu'il était plus jeune, mais malheureusement pour lui, il n'y avait pas de Kaname pour venir à son aide. Et toute sa famille en est morte.
